No 2004. gada 1. maija muitas kontrole tiek veikta ES ārējos robežpunktos, kā arī iekšzemē. Atsevišķos gadījumos muitas kontroli var veikt arī ES iekšējos robežpunktos (t.sk., robežpārejas punktos) uz Latvijas – Lietuvas un Latvijas – Igaunijas robežas.

Muitas kontroli veic LR Valsts ieņēmumu dienesta muitas iestādes (muitas iestādes). Muitas kontrolei ir pakļautas preces, kuras tiek ievestas ES muitas teritorijā un izvestas ārā no šīs teritorijas. Muitas kontroles laikā muitas iestādes var veikt muitas uzraudzības vai arī muitas kontroles pasākumus. Muitas uzraudzības pasākumi paredz vispārīgas muitas iestāžu darbības, lai nodrošinātu muitas noteikumu ievērošanu, kas piemērojami muitas kontrolei pakļautajām precēm. Piemēram, muitas uzraudzības pasākumus var piemērot precēm, kuras tiek transportētas saskaņā ar muitas procedūru Kopienas ārējais vai iekšējais tranzīts, - preču transportēšanas laikā. Muitas kontroles pasākumi paredz preču, dokumentu esamības un autentiskuma, kā arī uzņēmumu kontu un citu ierakstu pārbaudi; transportlīdzekļu apskati; bagāžas preču pārbaude, ko pārvieto attiecīgās personas, kā arī citu pārbaužu veikšanu, kuras piemērojamas muitas kontrolei pakļautajām precēm.

Svarīgākie tiesību akti, kas nosaka preču muitas kontroles kārtību no 2004. gada 1. maija ir:

• ES Padomes 12.10.1992. regula Nr.2913/92/EEK “ES Muitas kodekss”;
• ES Komisijas 02.07.1993. regula Nr.2454/93/EEK “ES Muitas kodeksa piemērošanas noteikumi”;
• ES Padomes 23.07.1987. regula Nr.2658/87/EEK “ES tarifu un statistikas nomenklatūra un Kopējais muitas tarifs”;
• ES Padomes 28.03.1983. regula Nr.918/83/EEK “Kopienas atbrīvojumi no muitas nodokļiem”;
• LR Saeimas 18.03.2004. Muitas likums.

Satiksmes ministrijas Tranzīta politikas departaments ir sagatavojis informāciju „Eiropas Savienības un Latvijas Republikas muitas tiesību aktu normas, kuras stājas spēkā 2009.gadā”.

Informācijas dokuments „Eiropas Savienības un Latvijas Republikas muitas tiesību aktu normas, kuras stājas spēkā 2009.gadā”

 Satiksmes ministrijas Tranzīta politikas departaments ir sagatavojis informatīvo dokumentu „Muitas noteikumu apraksts preču ievešanai, izvešanai un tranzītam pa dzelzceļu ES muitas teritorijā”, kurā ietverta informācija par kravu muitas formalitātēm, tās pārvadājot ar dzelzceļa transportu.

Informācijas dokuments „Muitas noteikumu apraksts preču ievešanai, izvešanai un tranzītam pa dzelzceļu ES muitas teritorijā” (2009.gads)

Papildus informācija par:

• ES tiesību aktiem 
• ES muitas jautājumiem
• ES muitas elektroniskās datubāzes 
• Muitas kontroli Latvijā